网站软件制作精美蛋白互作

　　之前小编为大家推送了利用DAVID网站进行差异基因的GO和KEGG分析，链接：DAVID&Metascape：专注于基因功能注释和富集通路分析的网站。而基因功能注释后就可以寻找蛋白表达之间的关系了，在生信分析中，常常会使用STRING网站+Cytoscape软件来制作蛋白互作网络图(PPI)。今天小编奉上一部PPI制作教程，让我们一起细细咀嚼吧！
　　首先我们进入STRING网站的官网(网址为https://string-db.org/)，界面很简单明了，左侧一栏是网站的输入方式，右侧一栏是我们的蛋白输入框。通常我们在做PPI时选择输入方式是＂Multiple proteins＂，即多个蛋白的输入。
　　选择好蛋白的输入方式后，输入一列差异基因，STRING网站对基因的限制条件是不超过2000个基因，格式也是每行一个基因名(或者说是蛋白名字吧，总之就是差异基因所表达的蛋白)。简而言之，这个页面上的操作的步骤是先选择＂Multiple protenins＂，然后输入基因名，最后选择＂Homo sapiens＂。
　　然后点击＂SEARCH＂选项，千万别停下来，继续点击＂CONTINUE＂选项。
　　这样就做好了一张PPI图，但是看上去还是比较杂乱的，因此我们需要通过Cytoscape软件对PPI图进一步做美化处理。
　　下拉当前页面，可以看到一行菜单，Legend菜单里面是关于网络图中Nodes和Edges的注释，了解一下。
　　Settings菜单功能比较重要，比如我们对Edges的选择，＂confidence＂是通过线条的粗细来反映蛋白之间相互作用的强弱。如果我们制作的网络图比较分散，我们可以通过设置＂minimum required interaction score＂将conbined_score调高来调整PPI，使图形看上去更紧密。
　　如果我们觉得网络图上的蛋白数量较少，我们可以通过设置蛋白数量的上限，比如我们将其设置为＂no more than 50 interactors＂，看下效果。
　　明显可以发现网络图变得更加复杂，线条也更多了。
　　在Analysis菜单里面，我们可以查看network的一些信息，包括nodes、edges、degree、PPI富集分数的P值等，同时我们也能查看GO和KEGG功能富集信息及其他信息。
　　Clusters菜单，是将PPI网络进行聚类，点击APPLY。
　　我们可以看到，通过聚类后，蛋白通过聚类形成不同颜色的成簇分布的蛋白互作网络图。
　　如果我们想要在Cytoscape软件中调整网络图，直接点击＂Exports＂选项，下载TSV格式的文件保存。
　　保存好的TSV格式文件是Cytoscape软件数据的输入方式之一，当我们在STRING网站完成PPI制作之后，就可以打开Cytoscape软件了。
　　第一步是导入数据：File-Import -Network-file,然后选择TSV格式的文件。
　　数据导入完成后如下图，右边的图形是刚刚在STRING网站中的PPI导入到Cytoscape软件后的图形，看上去确实精简了不少，和原图相比只是把没有相互作用关系的蛋白去掉了，这样的图确实精简，但是看上去也还是不咋滴！
　　下面就开始对这幅图进行改造，我们依次点击Tools- NetworkAnalyzer-Network Analysis-Generate style from statistics。
　　最终会出现一个弹窗。
　　小编对于这个弹窗的理解是，在Cytoscape软件中Node的大小和渐变颜色由Degree来调整，Edge的粗细和渐变颜色由combined_score来调整。
　　点击＂Apply＂后出图，可以看见，这个图形简直是有了180度的变化了，像个文章中的PPI了。
　　此外，如果我们想要制作以某个蛋白为中心的PPI，如何去制作呢？Cytoscape提供了一套完美的解决方案。例如，我们选择IL10蛋白作为中心蛋白，首先点击该蛋白。
　　再点击下图标注的图标，它表示是与IL10蛋白有直接关系的Nodes，同时这些蛋白和IL10一起都被选中了。
　　依次点击File-New- Network-From selected nodes,all edges。
　　最终，一张以IL10为中心的局部PPI网络就形成了，这样的图是不是看上去能更加美观呢！
　　STRING网站是我们在生信分析中针对蛋白互相作用分析的一个重要工具，然而，它提供给我们的图形是十分粗犷的，但是当它结合了Cytoscape软件对PPI的美化功能后，我们的图形会出现脱胎换骨的气息！
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