掌握这份数据库分钟设计转录因子相关课

　　如果你研究非编码RNA，那你需要先了解miRNA；而如果你要研究编码基因或者信号通路，那就多了解一下转录因子
　　转录因子是能与基因5`端上游特定序列专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子以TF为核心的转录调控一直以来也是研究的热点。今天这几个各大类型转录因子详细教程你一定要收藏！
　　01:
　　植物转录因子PlantTFDB
　　PlantTFDB是北京大学开发的植物转录因子数据库。
　　数据库包括了165个物种中的58个转录因子家族，一共320,370个植物转录因子。
　　数据库包含了转录因子的功能、结构域、结合位点等注释信息。
　　数据库整合了其他多个数据库，可以预测转录因子的功能、生成宏观的植物转录调控网络。
　　主页介绍：
　　01、转录因子序列比对
　　想要知道一个已知的蛋白序列是否是一个转录因子，我们可以通过BLAST将蛋白序列与PlantTFDB数据库中的转录因子进行比对，观察是否与数据库中的转录因子相匹配。
　　第一步-进入BLAST
　　第二步-输入序列和设置参数
　　第三步-获得比对结果
　　第四步-查看单个比对结果
　　第五步-查看比对结果列表
　　第六步-查看转录因子详细信息
　　02、转录因子功能预测
　　想要知道一个已知的蛋白序列的转录因子其功能是什么，我们可以通过PlantTFDB数据库对转录因子的功能进行预测，可以根据该序列中所包含的已知的功能结构域推测转录因子的功能。
　　第一步-进入预测功能区
　　第二步-输入转录因子序列
　　第三步-查看预测结果
　　03、拟南芥转录因子调控图
　　拟南芥是植物研究常用的模式植物，PlantTFDB数据库可以展示拟南芥转录调控的网络图，以宏观的角度分析各个转录因子在拟南芥转录调控中的功能和关系。
　　第一步-进入ATRM功能区
　　第二步-下载拟南芥转录因子信息
　　第三步-查看拟南芥全局调控网络
　　第四步-拟南芥全局调控网络
　　02:
　　动物转录因子 animalTFDB
　　AnimalTFDB是华中科技大学开发的动物转录因子数据库。
　　数据库包括了97个物种中的73个TF家族及83个TF辅助因子家族，可通过分类方便浏览。
　　数据库提供了转录因子预测、转录因子结合位点预测、Blast比对功能。
　　主页介绍：
　　01、查询和搜索
　　animalTFDB 数据库根据家族和物种对转录因子进行了分类，根据分类对转录因子进行搜索和查找
　　一、通过家族分类查询
　　RFX家族成员信息
　　大熊猫含有RFX家族转录因子的情况
　　序列比对及位点富集
　　二、通过物种分类查询
　　人属转录因子详细信息
　　人属bhLH家族转录因子详细信息
　　转录因子详细信息
　　转录因子基因类型和蛋白功能域信息
　　转录因子相关GWAS表型、Paralog和Ortholg信息
　　三、通过搜索查询：提供四种搜索方式
　　02、转录因子预测
　　animalTFDB数据库可以对已知序列的蛋白进行转录因子预测，对比其序列中包含哪些已知的转录因子的功能结构域。
　　第一步-进入转录因子预测功能区
　　第二步-输入序列和查看结果
　　第三步-查看预测结果中的具体比对信息
　　03、结合位点预测
　　animalTFDB数据库可以对已知蛋白序列的转录因子进行结合位点的预测。
　　第一步-进入转录因子结合位点预测功能区
　　第二步-输入序列和查看结果
　　04、序列比对
　　animalTFDB数据库整合了BLAST工具，可以通过输入序列与数据库中的转录因子序列进行比。
　　第一步-进入Blast比对功能区
　　第二步-输入序列和查看比对结果
　　03:
　　经典转录因子综合数据库 TRANSFAC
　　TRANSFAC是gene-regulation.com旗下的子数据库。
　　TRANSFAC数据库收录了真核生物转录因子信息，包括实验证明的结合位点、潜在的结合位点、调控的基因等信息。
　　TRANSFAC数据库以表单方式存储数据。
　　gene-regulation.com 还开发了高级付费版本TRANSFAC® Professional，提供了更多功能。
　　01、网站简介
　　第一步-注册并登陆
　　Gene-regulation.com主界面
　　第二步-进入数据库分类页面
　　第三步-进入TRANSFAC数据库
　　第四步-使用TRANSFAC数据库
　　RANSFAC数据库主界面
　　02、细胞工作表检索
　　TRANSFAC数据库收录了转录因子结合蛋白的细胞相关信息。可以通过检索细胞工作表信息得到相关的转录因子信息
　　第一步-进入细胞工作表搜索区
　　第二步-输入关键词和设置搜索参数
　　第三步-查看搜索结果
　　第四步-查看详细信息
　　03、分类工作表检索
　　TRANSFAC数据库将转录因子按照不同的类型进行分类。可以通过关键词对分类工作表信息进行检索得到转录因子的类别相关信息
　　第一步-进入分类工作表搜索区
　　第二步-输入关键词和设置搜索参数
　　第三步-查看搜索结果
　　第四步-查看详细信息
　　04、位点工作表检索
　　TRANSFAC数据库收录了调控蛋白各自的结合位点信息，收录的所有序列经证实都与蛋白结合并且有着特定的功能，每一条序列条目都有相应的唯一序号，可以通过关键词对位点工作表进行检索获得信息
　　第一步-进入位点工作表搜索区
　　第二步-输入关键词和设置搜索参数
　　第三步-查看搜索结果
　　第四步-查看详细信息
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