匈牙利百年木乃伊肺部中发现肺结核基因

　　英国华威大学的研究人员利用宏基因组学技术，从一个215年历史的木乃伊中发现了肺结核（TB）基因组。这项成果于7月18日发表在《新英格兰医学杂志》上。
　　1994年，匈牙利发现了一个包含242具尸体的地下墓室。许多尸体被自然木乃伊化，包括Terézia Hausmann的遗体，她死于1797年12月25日，享年28岁。之前对其胸部样本的分子分析证实了肺结核的诊断，并暗示TB DNA在其体内保存得非常完好。
　　于是，Mark Pallen教授领导的研究小组从肺部组织中提取出DNA，并在Illumina MiSeq上对DNA进行测序，获得了550万个末端配对读取。他们发现，不到1%的读取定位到人类基因组，而8%定位到结核分枝杆菌（M. tuberculosis）参考菌株H37Rv。
　　由于Pallen教授所在的实验室未培养结核分枝杆菌，也没有开展相关的PCR分析，同时他们获得了深度且均一的基因组覆盖，故他们认为，污染的可能性非常低。
　　Pallen教授解释了这项突破的重要性：＂其他大多数试图从古代样本中回收DNA序列的研究都面临污染的风险，因为他们依赖实验室中的DNA扩增。宏基因组学的魅力在于它提供了一种简单但高信息量、无假设且放之四海而皆准的方法。几个月前，我们发现，宏基因组学让我们能够从粪便样本中确定大肠杆菌爆发菌株，而几个星期前，另一个小组也采用相同的方法从历史材料中获得麻风病基因组。＂#p#分页标题#e#
　　之后，研究人员比较了结核分枝杆菌的读取以及H37Rv，发现此人有着两种结核分枝杆菌基因型的混合感染。根据宏基因组相对于H37Rv的缺失模式，他们认为木乃伊中的这两种菌株与德国在1998至2010年存在的菌株相似。
　　Pallen教授补充道：＂发现这两者之间的相似性很吸引人。它再一次表明，利用宏基因组学能非常有效地追踪微生物的进化和传播，而不需要培养。在这个例子中，宏基因组说明一些菌株已经在欧洲流传了两个多世纪。＂