南京政府实行省、县二级地方行政制度,同时设行政院辖市和省辖市;在省与县之间,由省派出行政督察专员;县以下设区、乡(镇)、保、甲等基层组织,形成远比北洋政府严密的地方行政制度。 一、省行政制度 省政府是南京政府地方最高行政机构,管理全省政务,南京政府任命省政府委员组成省政府委员会,废除了广州国民政府从委员中互选主席的办法,由南京政府在省政府委员中任命1人为省政府主席。 省政府委员会行使行政权系通过委员合议制。省政府委员会可议决省单行条例和规程;决议发布省政府命令;中止或撤销所属各机关的命令和处分;确定和变更地方行政区划;决议全省预、决算;处理省公产和管理省公营事业;任免省属官吏等。 省政府委员会下设秘书处,一般设有民政、财政、教育、建设四通厅,还设有警务、保安、会计、田粮、社会、农林、卫生、粮食等数目不等的直属处、局。 二、行政督察专员公署制度 1932年6月,南京政府出于"剿共"的反革命军事需要,决定首先在军事"围剿"省份,设立专员公署,由"围剿"军司令部直接委派行政督察专员,设专员公署,下辖民政、财政、教育、建设四科,专员兼保安司令,同时撤销专署所在的县政府。不属于"围剿"军事行动省份的行政督察专员,由省政府指定,经南京政府任免。抗日战争中,南京政府决定行政督察专员不兼驻在地县长,并将专署与保安司令部合并,使专员有行政督察和军事指挥的军政两项权力。 行政督察专员公署是省政府派出机构,除了反共反人民的军事和政务之外,还担负着审核辖区各县预算决算、行政计划、单行法规等,监督各县行政,考核所辖行政人员等。 三、市行政制度 分特别市和普通市两种。特别市最初归国民政府直辖,1930年归行政院直辖,特别市要具备如下条件之一:首都;人口在百万以上的城市;有政治、经济特色情形的城市。普通市为省辖市。 特别市和普通市由南京政府和省政府分别任命市长1人,实行独任制管理该市行政,设市政府,下设管理民政、财政、教育、建设、警察等若干居、科。行政院辖市市政府设秘书主任1人。市政府设由市长主持的市政会议,由秘书长、局长、科长等参加。 四、县行政制度 县的行政机构是县政府,1928年9月,南京国民政府公布《县组织法》,规定县政府设县长1人,县政府可设2科至4科,还可设公安局、财务局、教育局、建设局。1929年,南京政府又修改《县组织法》,规定县政府设科数减少到1科到2科,增设县政府秘书1人。县政府各科、局受县长监督指挥,同时各局又受省主管厅指挥,结果导致县政府与各局、各局之间矛盾重重。为此,1933年,南京政府又规定县政府各科、局采取合署制度,1934年又采取撤局改科的办法,加强县长的权力。 1939年9月,南京政府公布《县各级组织纲要》,实行所谓"新县制",按土地、人口、经济、文化和交通等状况,对各县划分等级;县以下为乡镇,保甲,县与乡镇之间可设区。 五、县以下基层制度和保甲制度 南京政府的基层行政机构为区政府和乡镇政府。 在城市中,市以下设区,设立区政府,由市政府任免区长1名,区政府可设科。区以下是社会基层组织,每坊设坊长。 县政府可派出区公所,设区长1名,支持全区行政,又设指导员2至5人,分管民政、财政、教育、建设等工作。区设警察所。区还可以设建设委员会,聘请地方士绅为委员,研究乡村机构的设置等事项,由区长担任主席。县以下的区工所和城市的区不一样,它仅仅是县政府派出的辅助机构,不是一级政权组织。 县区以下設乡镇(镇),置乡(镇)公所,是县以下的基层政权,设乡(镇)长1人,还可以设副乡(镇)长。乡(镇)长主持全乡行政,下设民政、警卫、经济、文化等股、各股设主任1人,还可设干事,正副乡长主持全乡行政。 1932年,南京政府颁布《剿匪区内各县编查保甲户口条例》,1934年将保甲制度向全国推行。10户为1甲,设甲长;并设保办事处。凡1乡中编有3个保以上者,设保长联合办事处,由县政府或区公所指定1保长为主任,称为联保主任,并设1至2名书记。保甲组织的职能是:清查户口,监视居民,核查出入保甲区域的人;进行反共反人民的宣传;收取各种苛捐杂税;组织反动民团武装。保甲长必须忠于南京政府,《编查保甲户口条例》规定:有所谓"危害民国行为",曾为"赤匪"胁从等都不得担任保甲长,还规定不是当地人也不得担任保甲长。所以,担任保甲长者,多为土壕劣绅、地痞流氓、并逐渐国民"党化"。保甲制度是国民党一党专政在基层的制度。