流感病毒属正黏病毒科，是有包膜的单股负链RNA病毒。根据毒粒核壳蛋白（NP）及基质蛋白（M）抗原性差别分甲型、乙型、丙型三个血清型；根据毒粒表面糖蛋白血凝素（HA）及神经氨酸酶（NA）抗原性差异，又将甲型流感病毒分成不同亚型。典型的流感病毒为球形，直径80~120nm，有时呈丝状体形态。毒粒外层双层脂质包膜上有约500个放射状向外排列的突起，有两种类型:棒状突起（HA）及蘑菇状突起（NA）。二者比例为（5:1）~（4:1）。HAZ能引起多种动物红细胞凝集，介导病毒与敏感细胞表面受体的吸附，经裂解后可分为重链（HA1）及轻链（HA2），二者通过二硫键连接额。HA的抗体可抑制血凝及中和病毒，是最主要的保护性抗体。HA表面有五个抗原决定区，其抗原结构易发生改变，是甲型流感病毒亚型划分的主要依据之一。呈蘑菇状突起的NA能作用于黏液蛋白，释放N_乙酰神经氨酸，使病毒从吸附的红细胞上游离下来，防止毒粒聚集，促进毒粒在黏液中的移动。NA抗体不能中和病毒，但能限制病毒的繁殖量，其抗原结构易发生改变，也是甲型流感病毒亚型划分的主要依据之一。甲型、乙型、丙型三型流感病毒在双层脂质包膜上还分别有M2（甲型）、NB（乙型）及CM2（丙型）蛋白，它们的拷贝数很少。衬在病毒双层脂质包膜下的含量最多的基质蛋白为M1蛋白，构成病毒包膜框架。M1蛋白的抗体不能中和病毒，抗原结构稳定，具有型特异性，是流感病毒型划分的主要依据之一。M1蛋白与病毒内部核糖核蛋白（RNP）的核心部分连接，RNP呈大小不一的杆状，由RNA和4种蛋白质组成，这四种蛋白质（NP）、PB1、PB2及PA。NP是病毒核衣壳中主要的蛋白质亚单位，包绕着病毒基因组RNA，其抗体不能中和病毒，抗原结构稳定，具有型特异性，是流感病毒划分亚型的主要依据之一。PB1、PB2及PA是三种多聚酶蛋白，共同组成依赖RNA的RNA多聚酶复合体。与M1连接的还有非结构蛋白NS2，它的作用是在病毒复制周期中将已合成的RNP复合物从宿主的细胞核中运输出去。丙型流感病毒无NA蛋白。​

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