imagej细胞计数（ImageJ使用教程之自动细胞计数篇）

　　imagej细胞计数（ImageJ使用教程之自动细胞计数篇）
　　文/ 利刃君
　　微信ID/ ziyuanliren666
　　全文共1626字，推荐阅读时间5分钟。
　　前面的文章里利刃君为大家分享了ImageJ软件，需要的小伙伴可以戳科研人必备图像处理软件—ImageJ软件分享查看详情。这里利刃君就为大家带来第一篇ImageJ使用教程，在进行细胞实验时，手动数细胞是一件极其无聊又耗费精力的工作，下面我们就看一下如何利用ImageJ实现自动细胞计数，解放我们的双手。自动细胞计数
　　-壹-导入图像
　　打开想要处理的图像，这里我们以一张DAPI免疫荧光染色的照片为例进行说明。如下图。
　　点击File>Open>打开准备好的图像，也可将图片直接拖动到菜单栏，即可打开。如下图。
　　-贰-将图像转为8-bit
　　首先需要将图片转为黑白灰的图像，方便后续识别细胞。
　　点击Image>Type>8-bit，此时图片即已被去色。
　　-叁-调整阈值，去除背景，选中细胞
　　①点击Image>Adjust>Threshold对阈值进行调整，主要是为了选择细胞区域；
　　②因为利刃君这里选择的是B&W（Black and White），所以图像中黑色的区域就是已经选中的区域，这里可以进行更改，如若改为red，则红色区域为选中的区域；
　　③另外我们发现Threshold窗口中有两个调节框，我们可以通过左右拖动调节框中的滑块对选择的区域进行调整。原则是尽可能的包含所有的细胞同时去除背景中的杂质。
　　④拖动完成后点击Apply，这样阈值就设置好了。
　　-肆-填补细胞核的空隙
　　在调节阈值减少背景的同时，可能细胞的一些不均匀部分也被减弱了，这时就需要进行空隙填补，使得细胞变成实心球形来使自动细胞计数的结果更加可靠。
　　点击Process>Binary>Fill Holes即可，如果没有出现细胞有空隙的情况，则这一步就不需要进行。
　　-伍-打断细胞核的重叠部分
　　细胞密度比较大时，通常会有细胞重叠或者贴近的情况。就会导致软件识别时将两个粘连在一起的细胞识别为一个，这时我们就需要利用Watershed自动识别重叠部分，随后再将两个细胞分离开来。
　　点击Process>Binary>Watershed，此时可以看到粘连在一起的细胞已经被分开。
　　-陆-自动分析、计数颗粒
　　点击Analyze>Analyze Particles，出现Analyze Particles界面，根据处理图像的不同，设置不同的参数。
　　Size：0.05-Infinity——指分析颗粒尺寸大于0.05（一定注意这里的单位是inch），一直到无穷大的颗粒。（根据细胞大小，以及结果好坏来更改）一般可以通过选框工具选择最小的细胞，点击Analyze>Measure来看一下其大小，如我们这里显示Area为104，我们就可以设置Size大小为90-Infinity。
　　Circularity：0.00-1.00——指圆度，可以根据细胞形状，调整需要的圆度，1.00为标准圆，一般情况下只根据Size进行限制就可以了。
　　Show：Overlay——指原本图片上会展示出分析结果的外框。
　　Exclude on edges——处于边缘的颗粒不计入。
　　设置完成后，点击OK，即出现以下结果，Results窗口中显示了统计出的细胞的数目，并且显示了每个细胞的面积，一共为162个细胞。
　　另外，我们可以查看原图中有没有漏选或者多选的细胞，如果有可以返回Size设置页面重新设置阈值，再次进行统计。
　　以上就是利刃君为大家带来的使用ImageJ软件进行自动细胞计数的方法，需要注意的是自动计数的结果并非绝对准确，大家要根据自己的经验优化参数设置，来使结果更加可靠。